医疗事故鉴定的部门是设区的市级地方医学会和直接管辖的县地方医学会。医疗事故鉴定需要缴纳鉴定费，双方当事人需要预先缴纳鉴定费，如若重新进行鉴定的，则不得加收鉴定费。
一、医疗事故鉴定是哪个部门
　　医疗事故鉴定部门是由设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
　　卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
　　二、医疗事故鉴定需要缴费吗
　　委托医学会进行医疗事故技术鉴定，应当按规定缴纳鉴定费。若双方当事人共同委托医疗事故技术鉴定的，由双方当事人协商预先缴纳鉴定费。卫生行政部门移交进行医疗事故技术鉴定的，由提出医疗事故争议处理的当事人预先缴纳鉴定费。经鉴定属于医疗事故的，鉴定费由医疗机构支付；经鉴定不属于医疗事故的，鉴定费由提出医疗事故争议处理申请的当事人支付。
　　县级以上地方卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，对需要移交医学会进行医疗事故技术鉴定的，鉴定费由医疗机构支付。重新鉴定时不得收取鉴定费。
　　三、医疗事故鉴定期限是多长时间
　　1.一旦发生医疗纠纷，病员及其家属有权在发生事故或事件不良后果发生后1年之内提出医疗事故或者事件的鉴定。
　　2.病员死亡的，其家属应当在病员死亡后或收到尸检报告单后15天内提出医疗事故或者事件的鉴定。法律快车提醒，其中尸检的申请，则应当在病员死亡后48小时内提出，由所在地卫生局指定的病理解剖部门进行。
　　3.医疗纠纷的双方当事人，对首次医疗事故技术鉴定委员会的鉴定结论不服的，可以在接到鉴定结论书之日起15日内，向所在省、自治区、直辖市医疗事故技术鉴定委员会申请鉴定。